系统封装与集成研发中心主要从事先进电子封装与集成技术的研究与开发。针对后摩尔时代集成电路向三维集成技术发展，以及电子系统对小型化、多功能、高性能、高可靠、低成本、低能耗的需求，封装中心开展了系统封装设计研究、中道晶圆级封装技术、先进封装基板技术、先进微组装技术、可靠性与失效分析等关键封装技术研发，同时进行光互连集成技术研究与产品开发。   

　　研发中心拥有一个开放的、先进的、从封装设计到工艺研发与可靠性测试的先进封装研发平台，包括系统封装设计平台、基板实验线、微组装实验线、电学测试实验室和可靠性实验室。封装中心拥有一个结构合理、具有雄厚研发实力的应用型科研团队，超过80%具有硕士以上学位。  

　　封装中心承担了多项国家科技重大专项、 “973”计划、“863”计划、国家自然科学基金、院创新工程项目以及企业合作项目，取得了丰硕的科研成果。  

　　封装中心通过开放的产学研合作模式，探索新的发展机制，与国内龙头封装企业合作建立了“高密度集成电路封装国家工程实验室”，并牵头组织了由企业为主体、多所国内著名高校参与的“中国TSV技术攻关联合体”。封装中心已经成为我国集成电路封装技术领域的一支重要研发力量。  

　　为促进科技成果转移和产业化，建立新型产学研合作模式，2012年9月29日注册成立华进半导体封装先导技术研发中心有限公司。公司拥有中科院微电子所系统封装与集成研发中心、国内最大几家封测公司及封装基板公司等9家股东投资，公司注册资金1.61亿元，近期又获得国家开发银行股权投资5000万元人民币。